Второй этап (1993— 1995 гг.) связан с формированием системы правового регулирования местного самоуправления. Он сложился на основе указов Президента Российской Федерации по вопросам местного самоуправления, которые были направлены прежде всего на реализацию положений упоминавшегося выше Закона «О местном самоуправлении в РСФСР», а после вступления в силу Конституции Российской Федерации (25 декабря 1993 г.) — ее норм. Наиболее значимыми были указы от 9 октября 1993 г. «О реформе представительных органов власти и органов местного самоуправления в Российской Федерации» и «О некоторых мерах по оказанию государственной поддержки местного самоуправления», от 26 октября 1993 г. «О реформе местного самоуправления в Российской Федерации», от 22 декабря 1993 г. «О гарантиях местного самоуправления», от 21 марта 1994 г. «О мерах по обеспечению реформы местного самоуправления» и др.
Особое место среди названных правовых актов главы Российского государства занимает Указ от 26 октября 1993 г. «О реформе местного самоуправления в Российской Федерации». Этим правовым актом в целях укрепления основ народовластия, обеспечения реформы местного самоуправления в Российской Федерации, с учетом инициатив и предложений органов государственной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления, их ассоциаций было утверждено Положение об основах организации местного самоуправления в Российской Федерации на период поэтапной конституционной реформы, а также установлено уникальное с точки зрения иерархичности источников муниципального права правило: Закон Российской Федерации «О местном самоуправлении в Российской Федерации», другие законодательные акты применяются в части, не противоречащей данному Указу. Соответственно, органам государственной власти субъектов Российской Федерации было рекомендовано осуществлять реформу местного самоуправления не на основе Закона от 6 июля 1991 г., а в соответствии с данным Положением.
Исторический характер Указа Президента Российской Федерации «О реформе местного самоуправления в Российской Федерации» состоит в том, что им была прекращена деятельность городских и районных Советов народных депутатов, а их функции возложены на соответствующую местную администрацию.
В соответствии с указом Президента выборы в представительные органы местного самоуправления предполагалось провести в период с декабря 1993 года по июнь 1994-го. Дату проведения выборов должны были устанавливать органы государственной власти субъектов Российской Федерации. В связи с этим Указом Президента Российской Федерации от 29 октября 1993 г. были утверждены Основные положения о выборах в органы местного самоуправления, и с их учетом органам государственной власти субъектов Федерации было рекомендовано принять положения о выборах в органы местного самоуправления.
В этот же период Президент России издает указы, отражающие особенности организации местного самоуправления в городе Москве. Речь идет прежде всего об указах от 10 декабря 1993 г. «Об общих принципах административно-территориального деления и организации местного самоуправления в городе Москве» и от 24 октября 1993 г. «О поддержке мер правительства Москвы и Московского областного Совета народных депутатов по реформе органов государственной власти и органов местного самоуправления в городе Москве и Московской области» (которым, в частности, было одобрено Временное положение о системе органов государственной власти города Москвы).
В ходе проходившего на основе указов Президента Российской Федерации процесса формирования местного самоуправления были заложены новые основы его организации, накоплен бесценный опыт такой работы, подготовлены условия формирования достаточной правовой базы для эффективной деятельности населения и органов власти по осуществлению местного самоуправления.
Однако поскольку указы Президента России по вопросам местного самоуправления были изданы либо до вступления в силу Конституции Российской Федерации 1993 г., либо до принятия Федерального закона 1995 г. «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации», они не соответствовали их положениям, ограничивали во многом конституционные права населения на осуществление местного самоуправления, а потому подлежали пересмотру в соответствии с конституционной моделью местного самоуправления.